همتای تاریک موترا یعنی باترا، ظهور می‌کند تا به نمایندگی از زمین، بشریت را نابود کند. دو پری کوچک به نام کازموس با فراخواندن موترا برای مبارزه با این موجود، کمک خود را ارائه می‌دهند. متأسفانه یک شهاب‌سنگ باعث بیدار شدن گودزیلای در حال خواب زمستانی شده و نبردی سه‌جانبه برای بقای زمین آغاز می‌شود.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

یک گروه مستقل از پژوهشگران به نام «شبکه پیش‌بینی گودزیلا» به طور فعال گودزیلا را در حالی که در نمورو به خشکی می‌رسد، ردیابی می‌کنند. ماجرا زمانی پیچیده‌تر می‌شود که یک شهاب‌سنگ غول‌پیکر در استان ایباراکی کشف می‌شود. این سنگ مرموز شروع به معلق شدن در هوا می‌کند و نیت واقعی آن برای جهان و گودزیلا آشکار می‌شود.

یک روز پیش از نمایشگاهش، تامورا، نقاشی مشهور جهانی، متوجه می‌شود یکی از آثار خودش جعلی است. هم‌زمان، جسد زنی با تتوهای بی‌شمار از نوع اوکی‌یوئه در دریا پیدا می‌شود. در پی این دو حادثه، نام ریووجی به‌تدریج بر سر زبان‌ها می‌افتد و ...

گورو پس از دریافت پیامی از دخترِ یکی از دوستان قدیمی‌اش به پاریس می‌رود و متوجه می‌شود که آن مرد سالخورده آرزو دارد پیش از مرگش، سوپی را که در کودکی خورده بود دوباره بچشد. گورو برای کمک، سفری را برای یافتن این سوپ مرموز آغاز می‌کند؛ سفری که او را به ژاپن، میان طوفان، و حتی به کره جنوبی می‌کشاند.

وقتی صاعقه به سینمایی که در آستانه تعطیلی است برخورد می‌کند، سه تماشاگر فیلم در زمان به عقب رانده شده و به دنیای درون پرده سینما پرتاب می‌شوند.

بهار ۱۹۴۱: توشیهیکوی ۱۶ ساله در شهر ساحلی کاراتسو به مدرسه می‌رود، جایی که عمه‌اش از پسرعموی بیمار او مراقبت می‌کند. توشیهیکو که غرق در طبیعت و فرهنگ ساحلی شده است، به زودی با دیگر نوجوانان استثنایی شهر دوست می‌شود؛ در حالی که همگی آن‌ها با نیروی جاذبه و کشش جنگ دست‌وپنجه نرم می‌کنند.

با مرگ بزرگ خاندان، میتسو، بستگان از راه‌های دور در شهر برفی آشیبتسو گرد هم می‌آیند. زنی مرموز به نام نوبوکو ناگهان ظاهر می‌شود. حضور او به تدریج رازهای دوران جنگ و گذشته ناشناخته میتسو را فاش می‌کند.

در پی زمین‌لرزه و سونامی توهوکو در سال ۲۰۱۱، یک روزنامه‌نگار برای تهیه گزارش از فاجعه وارد ناگائوکا می‌شود؛ شهری که در جریان بمباران جنگ جهانی دوم و همچنین زمین‌لرزه‌های چوئتسو در سال ۲۰۰۴ ویران شده بود. او در آنجا از تجربیات ساکنان شهر باخبر می‌شود و به نمایشنامه‌ای برمی‌خورد که توسط یکی از شاگردان مرموز دوست‌پسر سابقش نوشته شده است.

یک هتل مجلل ژاپنی، ماهیرو اینوئه، وکیلی ماهر در برخورد با یاکوزا را استخدام می‌کند تا به آن‌ها کمک کند هتل خود را از شر اوباش محلی خلاص کنند تا بتوانند قراردادی برای برگزاری جلسه مقامات مهم خارجی ببندند.